解：$ (1) $设$y(\mathrm {cm})$关于$x(\mathrm {cm})$的函数表达式为$y=\frac {k}{x}(x＞0)$。
$ $因为当$x=6$时，$y=2$，
所以$2=\frac {k}{6}$，
解得$k=12$。
$ $故$y(\mathrm {cm})$关于$x(\mathrm {cm})$的函数表达式为$y=\frac {12}{x}(x＞0)$。
$ (2) $把$y=3$代入$y=\frac {12}{x}$，得$3=\frac {12}{x}$，
解得$x=4$。
经检验，$x=4$是原方程的解。
$ $故小孔到蜡烛的距离为$4\ \mathrm {cm}$。
