解:$ (1) $因为方程$(a+3)x^2+3x+a^2-9=0$
是一元二次方程,
$ $所以$a+3≠0$,解得$a≠-3$。
$ $因为该方程有一个根为$0$,
$ $将$x=0$代入方程得$a^2-9=0$,
解得$a=\pm 3$,
$ $所以实数$a$的值为$3$。
$ (2) $把$a=1$代入方程$(a+3)x^2+3x+a^2-9=0$,
得$4x^2+3x-8=0$,
$ $移项得$4x^2+3x=8$,
$ $二次项系数化为$1$,得$x^2+\frac {3}{4}x=2$,
$ $配方得$x^2+\frac {3}{4}x+(\frac {3}{8})^2=2+(\frac {3}{8})^2$,
$ $即$(x+\frac {3}{8})^2=\frac {137}{64}$,
$ $开平方得$x+\frac {3}{8}=\pm \frac {\sqrt {137}}{8}$,
$ $所以$x_1=\frac {\sqrt {137}-3}{8}$,$x_2=\frac {-\sqrt {137}-3}{8}$。