解:
$ (1)$因为$a=16^{31}=(2^4)^{31}=2^{124},$
$b=8^{41}=(2^3)^{41}=2^{123},$
$c=4^{61}=(2^2)^{61}=2^{122},$
$ $又因为$124>123>122,$
且底数$2>1,$指数越大幂越大,
$ $所以$a>b>c。$
$ (2)$因为$3^{100}=(3^5)^{20}=243^{20},$
$5^{60}=(5^3)^{20}=125^{20},$
$ $又因为$243>125,$且底数大于$1,$指数相同,底数越大幂越大,
$ $所以$3^{100}>5^{60}。$