【解析】:本题主要考查数轴上两点间距离的计算方法,即两点所表示的数相减的绝对值。
(1)已知数轴上两点间的距离等于这两点所表示的数相减的绝对值。
对于点$P$、$Q$,$P$表示的数为$-5$,$Q$表示的数为$4$,则$P$、$Q$间的距离为$\vert 4 - (-5)\vert$。
计算$\vert 4 - (-5)\vert=\vert 4 + 5\vert = 9$。
(2)同理,对于点$M$、$N$,$M$表示的数为$-9$,$N$表示的数为$-2$,则$M$、$N$间的距离为$\vert -2 - (-9)\vert$。
计算$\vert -2 - (-9)\vert=\vert -2 + 9\vert=\vert 7\vert = 7$。
(3)设另一个点表示的数为$x$,已知其中一个点表示的数为$3$,且两点间距离为$6$,根据数轴上两点间距离公式可得$\vert x - 3\vert = 6$。
当$x - 3\geq0$,即$x\geq3$时,$x - 3 = 6$,解得$x = 6 + 3 = 9$;
当$x - 3\lt0$,即$x\lt3$时,$-(x - 3) = 6$,即$-x + 3 = 6$,移项可得$-x = 6 - 3 = 3$,解得$x = -3$。
【答案】:(1)$9$;
(2)$7$;
(3)$9$或$-3$。