解：$ (1)$抽取的$5$个菠萝去皮前的平均质量为
$(1.0+1.1+1.4+1.2+1.3)÷5=1.2($千克$)$
去皮后的平均质量为
$(0.6+0.7+0.9+0.8+0.9)÷5=0.78($千克$)$
这$200$个菠萝去皮前的总质量为：$ 1.2×200=240($千克$) $
去皮后的总质量为：$ 0.78×200=156($千克$)$
$(2)$原计划的销售额为：$ 5.2×240=1248($元$)$
根据题意，得去皮后的菠萝的售价为：$1248÷156=8($元$/$千克$)$
答：去皮后菠萝每千克售价是$8$元。
