$解:∵反比例函数y=\frac{k}{x}与一次函数y=mx+n的图像相交于A(a,-1)、B(-1,3)两点.\ $
$∴k=(-1)×3=a×(-1).$
$∴k=-3,a=3.\ $
$∴点A(3,-1),反比例函数的表达式为y=-\frac{3}{x},$
$由题意,得$
$\begin{cases}{ -m+n=3, }\ \\ { 3m+n=-1, } \end{cases}\ $
$解得\begin{cases}{ m=-1, }\ \\ { n=2. } \end{cases}\ $
$∴一次函数的表达式为y=-x+2.$