解:
(1) 在$Rt△ ABC$中,$∠ B=90°,$$BC=4。$
当$0< t≤ 3$时,$BQ = t,$
$S=\dfrac{1}{2}· BQ· BC=\dfrac{1}{2}· t· 4=2t;$
当$3< t≤ 5$时,点Q从点A沿AB返回,$BQ=6-t,$
$S=\dfrac{1}{2}· BQ· BC=\dfrac{1}{2}· (6-t)· 4=12-2t。$
(2) 连接$CQ,$
$\because$ 直线$l$是线段$PQ$的垂直平分线且经过点$C,$
$\therefore CP=CQ。$
在$Rt△ ABC$中,$∠ B=90°,$$AB=3,$$BC=4,$由勾股定理得$AC=\sqrt{AB^2+BC^2}=5。$
① 当$0< t≤ 3$时,$AP=t,$$CP=5-t,$$BQ=t,$
在$Rt△ CBQ$中,$CQ^2=BQ^2+BC^2=t^2+4^2,$
由$CP=CQ$得:$4^2+t^2=(5-t)^2,$
解得$t=\dfrac{9}{10},$符合$0< t≤ 3$的条件,
此时$AQ=AB-BQ=3-\dfrac{9}{10}=\dfrac{21}{10}。$
② 当$3< t≤ 5$时,$BQ=6-t,$$CP=5-t,$
在$Rt△ CBQ$中,$CQ^2=(6-t)^2+4^2,$
由$CP=CQ$得:$4^2+(6-t)^2=(5-t)^2,$
解得$t=13.5,$不符合$3< t≤ 5$的条件,该情况不成立。
综上,$AQ$的长为$\dfrac{21}{10}。$