解:方程$1-(x-4)^2=0$可变形为$(x-4)^2=1$,
$ $直接开平方得$x-4=\pm 1$,
$ $解得$x_1=5$,$x_2=3$。
分类讨论如下:
$ ① $当$5$为该直角三角形的直角边长时,
第三边的长为$\sqrt {5^2+3^2}=\sqrt {34}$;
$ ② $当$5$为该直角三角形的斜边长时,
第三边的长为$\sqrt {5^2-3^2}=4$。
综上所述,该直角三角形第三边的长为$\sqrt {34}$或$4$。