解:$ (2) $由题意,得$ 1000×\frac {16+6}{50}=440$。
$ $故估计全校$1000$名学生中笔试成绩不低于$80$分的人数为$440$。
$ (3) $乙同学可以入选。理由如下:
$ $甲的综合成绩为$ 90×60\% + 95×40\% = 92($分$)$,
$ $乙的综合成绩为$ 94×60\% + 90×40\% = 92.4($分$)$,
$ $且$ 92 < 92.4$,
所以乙同学可以入选。