解:
(2)由题意可知$(2x-3y)^{2}=(2x+3y)^{2}-24xy$
$=11^{2}-24×4=25,$
所以$2x-3y=\pm5;$
(3)因为正方形$ABCD,$正方形$BEFG$的边长分别为$x,y,$
所以$AB=AD=CD=BC=x,$
$BE=EF=GF=BG=y,$
所以$AE=CG=x-y=3,$
所以$S_{阴影}=S_{梯形AEFD}=\frac{1}{2}AE·(EF+AD)=\frac{1}{2}(x-y)(x+y)=\frac{3}{2}(x+y)。$
因为$x^{2}+y^{2}=29,$$x-y=3,$
所以$2xy=(x^{2}+y^{2})-(x-y)^{2}=29-3^{2}=20,$
所以$(x+y)^{2}=x^{2}+y^{2}+2xy=29+20=49,$
所以$x+y=7$(负值已舍去),
所以$S_{阴影}=\frac{3}{2}(x+y)=\frac{3}{2}×7=\frac{21}{2}$