【解析】
(1) 由表格数据可知，当水平距离$x=0$时，竖直距离$y=0.88$，即桥墩露出水面的高度$AE=0.88$m；
(2) 设$y$与$x$之间的函数表达式为$y=ax^2+bx+0.88$，将$(1,2.38)$、$(3,2.38)$代入，得
$\begin{cases}a+b+0.88=2.38\\9a+3b+0.88=2.38\end{cases}$
解得$\begin{cases}a=-0.5\\b=2\end{cases}$
故$y$与$x$之间的函数表达式为$y=-0.5x^2+2x+0.88$；
(3) 令$y=2.16$，代入$y=-0.5x^2+2x+0.88$，得
$-0.5x^2+2x+0.88=2.16$
解得$x_1=3.2$（不合题意，舍去），$x_2=0.8$
因此$CE$至少为0.8米。
【答案】
(1) $\boldsymbol{0.88}$；
(2) $\boldsymbol{y=-0.5x^2+2x+0.88}$；
(3) $\boldsymbol{0.8}$米。
【知识点】
待定系数法求二次函数解析式，二次函数的实际应用，解一元二次方程
【点评】
本题以拱桥通航为背景，考查二次函数的实际应用，通过待定系数法构建函数模型，结合方程思想求解实际问题，体现了数学建模的核心素养，也展现了数学与生活的紧密联系。
