生物工程正对人类健康、社会发展及工农业生产产生重大而深远的影响，我国将其列为21世纪优先发展的高新技术领域之一。生物工程专业旨在培养从事生物工程领域的科学研究、工程设计与生产管理、新技术与新产品开发等方面的高级工程技术人才。
学生在校通过学习生物化学、微生物学、发酵工程、生化反应与分离工程、制药工程、生物工程设备、生化工厂设计等基础课程，掌握生物细胞培养和选育、生物技术及其工程化的科学原理、工艺技术和工程设计的基本理论、基本技能。
本专业设置发酵工程、生物制药工程两个特色专业方向，供学生选修。学生毕业后可在医药、生化、食品、轻工、环保、能源、内外贸、工商卫检、海关等行业和高等学校、科研院所等部门工作。