培养目标：本专业是江苏省品牌专业，培养熟练掌握药物化学、天然药物化学、生物有机合成及制药工程学等基本知识，能从事药物开发、生产管理、药品销售及进行工程设计的高级药学工程技术人员。
主干课程：生物化学、微生物学、药物化学、药剂学、药理学、药物分析、化工原理、生物分离工程、制药工艺学、药事法规、药厂设备与车间工艺设计。
就业方向：依托学校教育部首批“卓越工程师”试点高校的平台，学院选拔制药工程专业的优秀学生进入“制药工程师”培养体系，启动“3+1”培养模式：学生在校的最后一年分散进入近20家药企进行工程实践的培养。
毕业生绝大多数进入知名药企工作，也可在环保、轻工、食品、化工等系统从事医药原料及医药中间体的生产管理、开发、质量控制等工作，在药品监督管理部门从事医药宏观调控和技术监督，在大专院校和科研单位从事教学和科研工作。