一、概况
药学系筹建于2000年，同年获批药理学硕士学位授权点，2005年开始招收药物分析与检验专业方向的学生，并获批国家新药I 期临床研究机构， 2008年被遴选为省级特色专业建设点，2009年被批准成为安徽省生化药物工程技术研究中心，2010年建立药学博士后流动站，2012年获批安徽省药学专业技术人员继续教育基地和卓越药学专业人才教育培养计划，2013年被教育部批准为药物分析专业、牵头获批“安徽省生化药物产业技术创新战略联盟”。
药学系下设药理学、药剂学、药物分析、药物化学、中医药基础5个教研室和药学实验中心、学生年级办公室、系办公室。现有专、兼职教师39人，其中教授、副教授20名，高职比占51.3%；博士12名，专业课教师全部具有硕士以上学历， 硕博比85.3%。
教师队伍中有全国优秀教师、省模范教师、省教学名师、省高校学术带头人、省德育先进工作者、省教育系统巾帼建功标兵、省教坛新秀、省高校毕业生就业先进工作者、学院教学名师和骨干教师等。蚌埠医学院药学实验中心现拥有实验教学、科研用房面积达2120M2，配置有美国AB SCIEX QTRAP 5500三重四极杆液质联用仪、LCQ Advantage MAX离子阱质谱仪、Bio-RAD凝胶成像、GC-2014岛津气相色谱仪、PowerLab数据采集分析系统、LC-10ATVP液相色谱仪、3111型二氧化碳培养箱、Mill－Q超纯水系统、流式细胞仪、凝胶渗透色谱仪、离子分光光度计、REVCO超低温冰箱、Bio-rad RT－PCR、ALC4239R高速大容量台式离心机、CDR-1差动热分析仪、ALPHA 1-2 STANDARD冻干机、TU-1901紫外可见光分光光度计、MA45水分测定仪、CK-30-12PHP倒置显微镜、智能药物溶出仪、数字熔点仪、KQ-500B超声波清洗机、旋转蒸发仪、9203A数显式电热鼓风干燥箱、各种规格的电子分析天平及试验配套仪器等价值近千万元的现代化教学科研仪器设备。承担近年来共承担国家级、省级、院级教学和科研课题及横向课题共160余项，2010年度一举获得3项国家自然科学基金项目资助；共发表科研论著300人余篇；出版教材、专著10余部。
药学系秉承学院“笃学精业、修德厚生”的校训精神，坚持“博学笃研、培智育才、勘药助医、立皖事国”的办学理念，以学科建设为龙头，师资队伍建设为关键，以培养崇尚知识、尊重科学的卓越药学专业人才为己任，已向社会成功输送药学专业本科毕业学生759名，学术型硕士研究生56名。
目前在校生723人，其中本科生687人、研究生36人，实习基地主要有解放军总医院、北京304医院、北京307医院、总后药检所、第二军医大学上海长海医院、上海东方肝胆医院、上海睿智化学有限责任公司、上海药明康德有限责任公司、第三军医大学西京医院、南方医科大学附属南方医院、安徽省立医院等33家。本科毕业生就业率连续七年维持在100%，实现高质量就业。
二、专业培养目标
培养具有药物分析的基本理论、基本知识和基本实验技能，能在药物研发生产中实施药效动力学、药代动力学和药品质量监管、检审，通晓药物疗效和风险检测规范、具有职业道德、明确社会责任、肩挑社会道义的药物分析技术人才。
三、学制、学位
本科，学制四年，学业期满，成绩合格，毕业授予理学学士学位。
四、主干学科和主要课程
主干学科：化学、药学和医学基础
主要课程：无机化学、有机化学、分析化学、微生物学与免疫学、生理学、生物化学、临床医学概论、药物化学、药理学、药剂学、药物分析学、生物药剂学与药物动力学、药物毒理与安全性评价、药事管理学。
。