制药工程专业培养具备化学、药学、制药工程学等方面的基本理论知识和基本技能，能从事药物的筛选与研制、生产工艺研究、工程设计、生产过程与产品质量控制方面工作的高级专门人才。毕业生可在与医药、农药产品生产、生物化工、新药研制及药品营销等相关部门从事科研开发、科技管理、教育、医药研究与设计、生产技术管理以及生产工艺等方面工作。 本专业授予工学学士学位，在微生物与生化药学学科具有硕士学位授予权。
主要课程：无机及分析化学、有机化学、生物化学、化工原理、药物化学、药物分析、药理学、生物制药技术、生化分离工程、药物合成、制药工艺学、工程图学、化工制图、制药工程原理与设备、药物设计学等。