培养目标：本专业培养具有生命科学的基本知识，掌握生物技术及其产业化的科学原理、工艺技术过程和工程设计等基础理论、基本技能，能在生物技术与工程领域从事设计、生产、管理和新技术研究、新产品开发方面工作，具有创新意识、创业精神、实践能力和受到工程技术训练的复合型、应用型高级工程技术人才。学生毕业后，可在生物、食品、医药、化工、海洋、环保等行业的企业、事业及行政管理部门从事与生物技术和工程领域有关的技术与管理工作。
专业特色：本专业是依托于省级重点学科食品科学学科，应社会主义市场经济发展对人才的新需求而创办的新专业，2001年开始招生，已有六届毕业生，毕业生一次就业率在80%左右。
在生物工程专业发展过程中，逐渐形成了一支在国内本学科领域有较大影响和较高声誉的、以中青年学者为主的学术队伍，其中，具有博士学位的教师6人, 具有硕士学位的教师5人。本专业在巩固已形成的专业优势和特色基础上，确立了以发酵工程为主体的专业方向。近年来承担多项国家级、省部级科研课题，科研成果显著，科研优势突出，特色鲜明。
本学科2006年获发酵工程硕士学位授予权。
主要课程：有机化学、生物化学、微生物学、分子生物学、细胞生物学、微生物遗传学、化工原理、生化工程、生物工程下游技术、生物工程设备、生物工厂设计、生物制品检验技术、酶与酶制剂工艺学、生物工艺学、酿造酒工艺学等。
学制四年，授予工学学士学位。
本学科具有发酵工程硕士学位授权点。