南京市第三中学坐落在白下区太平南路商业街。校址原为创建于光绪二十八年(1902年)的上元高等小学，而后四易其名，1938年改为正始中学，1946年学校改称为南京市第三中学。从四十年代正始中学的“格物致志诚意正心修身齐家治国平天下”；到五十年代的“诚朴友爱勤学向上”；到八十年代“五有一和谐”的办学蓝图和九十年代的“教学生学会做人，教学生学会学习”，学校贯穿着一条“治学做人”的办学理念。1995年被确认为南京首批重点高中，1998年被确认为江苏省重点高中，1999年被评为江苏省模范学校，2005年被省教育厅确定为四星级普通高中。

　　根据2005年白下区政府有关教育布局调整的决定，南京三中高、初中分别独立设置。独立高中为两个校区，即“三中本部校区”（白下路117号）、“三中高三校区”（金銮巷2号）。2005年8月，独立初中移址办学（校址：文昌巷63号，原南京22中校园），更名为“文昌初级中学”，实行了“三独立”。

　　1、承担义务教育施教区的直升任务

　　2、招收体育、科技特长生（女子排球、业余电台、航海模型等）

　　3、有20%的扩招计划

　　学校将坚持对区三好学生、区优秀少先队员、学科竞赛获奖等综合素质优秀的学生实行优录。