解:(1)已知铁路桥全长$l_{桥}=6\ km = 6000\ m,$列车长$l_{车}=400\ m,$列车全部通过所用时间$t = 100\ s。$
根据速度公式$v=\frac{s}{t},$列车全部通过所行驶的路程$s = l_{桥}+l_{车}=6000\ m + 400\ m = 6400\ m,$
则列车运行的速度$v=\frac{6400\ m}{100\ s}=64\ m/s。$
(2)高速列车全部在桥上运行的路程$s_{1}=l_{桥}-l_{车}=6000\ m - 400\ m = 5600\ m,$
由$v=\frac{s}{t}$可得,列车全部在桥上的运行时间$t_{1}=\frac{5600\ m}{64\ m/s}=87.5\ s。$